Прежде чем задать вопрос, давайте рассмотрим упрощенный случай.
Предположим, что в / home / admin у нас есть две папки foo и bar, которые имеют одну и ту же структуру подкаталога, но каждая из них содержит в себе разные файлы. Теперь мы хотим объединить их в один. Когда мы делаем такие вещи, как mv foo/* bar, возникает ошибка mv: directory not empty.
Мое решение состоит в том, чтобы отказаться от инструментов командной строки и переключиться на файловый менеджер графического интерфейса, например, дельфина. Когда вы переименовываете foo в bar у дельфина, он дает вам возможность записывать в папку назначения и спрашивает, нужно ли перезаписывать существующие файлы в интерактивном режиме. Это позволяет избежать копирования и удаления, что фактически экономит ваше время без единой строки кода.
PS: Я не тестировал каждый файловый менеджер там. Но большинство из них должны иметь эту функцию.