Более старый системный лоток был удален с 10.04 и теперь полностью удален в 13.04. pyalienfx необходимо использовать appindicator, вы можете указать ошибку в программе и указать на эту страницу:
https://wiki.ubuntu.com/DesktopExperienceTeam/ApplicationIndicatorsавторы приложений могут переносить свое приложение. Это включает резервный вариант, поэтому программное обеспечение по-прежнему будет работать в более старых Ubuntus и других дистрибутивах.
Что касается pidgin и thunderbird, они интегрированы в меню обмена сообщениями (Маленький конверт).
Вот некоторые другие указатели:
https://wiki.ubuntu.com/DesktopExperienceTeam/ApplicationIndicators