Я не знаю о anacron, однако переустановка ubuntu-desktop не должна давать вам много проблем. Пока файлы конфигурации для пакетов под ubuntu-desktop и anacron не были удалены, все должно происходить как обычно.
И в будущем попытайтесь проверить вещи на другой машине или VM. Это безопаснее, и вы также можете узнать, как настроить его в соответствии с вашими потребностями, если вы решите использовать его в своей основной системе.