Пока что я видел, что эти три команды делают то же самое. Что предпочтительнее или не имеет значения, какую команду я использую?
sudo /etc/init.d/mysql stop
sudo service mysql stop
sudo systemctl disable mysql
Если вы используете современную версию MySQL, то "лучшим" методом будет второй в вашем списке:
sudo service mysql stop
Это делает то же самое, что и первый, но в манере, согласованной с другими службами в системе, что облегчает запоминание и долгосрочную работу.
Воздержитесь от использования последнего. Отключение и остановка не всегда являются синонимами