Вы можете проверить, поддерживает ли ваша версия updatedb параметр --output FILE и делает его псевдонимом для ваших сеансов bash и указывает его на ваши задания cron.
Вы также должны использовать locate с параметром --database FILE
Как указано evencoil, нет возможности использовать символическую ссылку, потому что updatedb воссоздает файл для каждого вызова.