Если вы можете использовать 64-разрядный ubuntu, вы должны иметь возможность использовать 64-битную клонэзилу. Я использовал обе версии debian и ubuntu, они оба почти такие же, насколько это касается нас.
Как просто или коротко, вы можете установить папки по умолчанию с помощью команды xdg-user-dirs-update.
Выполнить следующую команду в вашем случае:
xdg-user-dirs-update --set DESKTOP "$HOME/Desktop"
Затем выйти и войти в систему для отображения / изменения эффекта.
Из man xdg-user-dirs-update:
NAME xdg-user-dirs-update - Update XDG user dir configuration SYNOPSIS xdg-user-dirs-update [OPTION...] [--set NAME PATH...] DESCRIPTION xdg-user-dirs-update updates the current state of the users user-dirs.dir. If none existed before then one is created based on the system default values, or falling back to the old non-translated filenames if such directories exists. The list of old directories used are: ~/Desktop, ~/Templates and ~/Public.