Ширина границы окна фактически задается темой Metacity. Вы можете либо изменить тему Metacity (System ➜ Preferences ➜ Appearance ➜ Theme ➜ Customize ➜ Window Border) на ту, которая имеет границу окна или отредактировать тему Metacity, которую вы используете прямо сейчас.
Файлы темы Metacity находятся в ~/.themes/<theme name>/metacity-1/ и /usr/share/themes/<theme name>/metacity-1/.
Отредактируйте файл metacity-theme-1.xml вашей темы и измените все значения left_width, right_width и bottom_height на нечто большее, чем 0.
<distance name="left_width" value="2"/>
<distance name="right_width" value="2"/>
<distance name="bottom_height" value="2"/>