У меня была такая же проблема с некоторыми потерянными файлами, созданная после использования rsync. Несколько скрытых файлов, начиная с .f, были созданы на моем внешнем жестком диске.
Отсоединение диска, а затем повторная установка его позволила мне переименовать, а затем удалить файлы.
Если сиротские файлы находятся на жесткой системе диск, я бы сказал, загрузиться в live CD, а затем удалить файлы.