Как уменьшить размер базы данных mlocate?

Насколько я помню, Déjà-Dup будет делать только инкрементные обновления. Поэтому то, что вы просите, это именно то, что он делает. Я предполагаю, что синхронизация и сравнение просто занимают много времени. Если вы хотите восстановить файл через Déjà-Dup из UbuntuOne, например, это займет много времени.