Из man gnome-session:
Программа gnome-session запускает среду рабочего стола GNOME. Эта команда обычно выполняется вашим менеджером входа (либо gdm, xdm, либо из ваших сценариев запуска X). Он загрузит либо сохраненную сессию, либо предоставит сеанс по умолчанию для пользователя, как это определено системным администратором (или установка GNOME по умолчанию в вашей системе). Сеанс по умолчанию определяется в ключах GConf в разделе /desktop/gnome/session. При сохранении сеанса gnome-session сохраняет текущие запущенные приложения в каталоге $XDG_CONFIG_HOME/gnome-session/saved-session. gnome-session - менеджер сеансов X11R6. Он может управлять приложениями GNOME, а также любым совместимым с X11R6 SM.(Emphasis mine)
По умолчанию $XDG_CONFIG_HOME - ~/.config, так что там хранятся сохраненные данные приложений.
Удалите все файлы в эту папку «забыть» последние запущенные приложения:
rm ~/.config/gnome-session/saved-session/*