Я использую файловую систему F2FS для одного из моих SSD, и, очевидно, в ядре Linux для нее была добавлена поддержка шифрования. Я не могу найти никакой информации о ней, кроме того, что она существует (http://lkml.iu.edu/hypermail/linux/kernel/1506.3/00598.html).
F2FS поддерживает шифрование на уровне файлов. Если вы ищете полное шифрование диска, EXT4 будет тем, что вам нужно.