Можно ли предотвратить конфликты пакетов R при обновлении Ubuntu 16.04 LTS с R с CRAN до Ubuntu 18.04 LTS?

Я полностью обновил Ubuntu 16.04.7 LTS amd64, который был настроен для RMarkdown / bookdown, публикации LaTeX с помощью следующих команд:

sudo apt-get install apt-transport-https

cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

sudo apt-get update

sudo apt-get install -y r-base-dev libssl-dev libjpeg62 libgstreamer0.10-0 libgstreamer-plugins-base0.10-0 calibre
sudo apt-get install -y biber texlive-lang-cyrillic fonts-cmu texlive-xetex texlive-fonts-extra texlive-math-extra font-manager ttf-mscorefonts-installer lmodern
sudo apt-get install -y build-essential libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libcairo2-dev git

wget https://github.com/jgm/pandoc/releases/download/2.11.4/pandoc-2.11.4-1-amd64.deb -O /tmp/pandoc.deb
sudo apt-get install -y /tmp/pandoc.deb

wget -c https://download1.rstudio.org/desktop/xenial/amd64/rstudio-1.4.1106-amd64.deb -O /tmp/rstudio.deb
sudo apt-get install -y /tmp/rstudio.deb

mkdir -p ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
R -e "install.packages(c('bookdown','tikzDevice','xaringan'), repos='http://cran.rstudio.com/', lib='/home/$USER/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4')"

Это означает, что его /etc/apt/sources.list / etc /apt/sources.list.d/*.list содержит следующие строки:

 $ grep ^ deb -r / etc / apt / --include = *. list
/etc/apt/sources.list.d/r-cran.list:deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial /
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main ограничено
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates основной ограниченный
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ Вселенная xenial
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ вселенная xenial-updates
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial multiverse
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates multiverse
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-backports основная ограниченная вселенная multiverse
/etc/apt/sources.list:deb http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security main ограничено
/etc/apt/sources.list:deb http://security.ubuntu.com/ubuntu вселенная xenial-security
/etc/apt/sources.list:deb http: // security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security multiverse

и в этой системе есть следующий набор пакетов R:

 $ dpkg -l | grep "^ ii r-"
ii r-base 3.4.4-1xenial0 вся система статистических вычислений и графики GNU R
ii r-base-core 3.4.4-1xenial0 amd64 GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы
ii r-base-dev 3.4.4-1xenial0 все GNU R установка вспомогательных пакетов GNU R
ii r-base-html 3.4.4-1xenial0 все html-документы GNU R для функций системы статистических вычислений
ii r-cran-boot 1.3-20-1xenial0 весь пакет GNU R для функций начальной загрузки от Дэвисона и Хинкли
ii r-Cran-class 7.3-14-2xenial0 amd64 GNU R пакет для классификации
ii r-cran-cluster 2.0.7-1-1xenial0 amd64 GNU R пакет для кластерного анализа, Rousseeuw et al.
ii r-cran-codetools 0.2-15-1cran1xenial0 весь пакет GNU R "Инструменты анализа кода для R"
ii r-cran-foreign 0.8.70-1xenial0 amd64 GNU R пакет для чтения / записи данных из других stat. системы
ii r-cran-kernsmooth 2.23-15-3xenial0 amd64 Пакет GNU R для сглаживания ядра и оценки плотности
ii r-cran-lattice 0.20-38-1cran1xenial0 amd64 GNU R package "Trellis Graphics for R"
ii r-cran-mass 7.3-50-1xenial0 amd64 GNU R пакет Venables и Ripley's MASS
ii r-cran-matrix 1.2-14-1xenial0 amd64 GNU R пакет классов для плотных и разреженных матриц
ii r-cran-mgcv 1.8-28-1cran1xenial0 amd64 GNU R package "Средство для смешанных вычислений GAM с
ii r-cran-nlme 3.1.137-1xenial0 amd64 Пакет GNU R для (нелинейных) моделей со смешанными эффектами
ii r-cran-nnet 7.3-12-2xenial0 amd64 Пакет GNU R для нейронных сетей с прямой связью
II р-кран-р часть 4.1-15-1cran1xenial0 amd64 Пакет GNU R "Рекурсивное разбиение на разделы и регрессия
ii r-Cran-Space 7.3-11-1xenial0 amd64 GNU R пакет для пространственной статистики
ii r-cran-survival 2.44-1.1-1cran1xenial0 amd64 Пакет GNU R «Анализ выживаемости»
ii r-doc-html 3.4.4-1xenial0 все html-руководства GNU R для системы статистических вычислений
ii r-рекомендованный 3.4.4-1xenial0 весь набор рекомендованных пакетов GNU R [метапакет]

Из предыдущего опыта я знаю, что некоторые пакеты R новее версий из официального репозитория Ubuntu 18.04.6 LTS.

Как мне правильно обновить Ubuntu 16.04.7 LTS до Ubuntu 18.04.6 LTS в этой ситуации?