Я рекомендую исключить все /usr (кроме форта /usr/local/) и иметь резервную копию dpkg --get-selections
На мой взгляд, полная резервная копия не очень полезна. Я предпочитаю резервные данные и предпочтения, а затем восстанавливаю пакеты из официальных репозиториев.
Но я предпочитаю ...
/usr содержит в основном статический бинарный контент из пакетов распространения. Повторная установка пакета приведет к восстановлению содержимого /usr. Кроме того, /bin и /sbin содержат двоичные файлы из дистрибутивных пакетов.
/usr/local содержит установленные вручную пакеты (из пакетов дистрибутива). поэтому стоит сделать резервную копию.