Ну, не обязательно так, как я хотел это сделать, но я понял это. Мне нужно было «cd /home/server/Desktop/minecraft/craftbukkit.sh», чтобы добраться до места (внутри терминала), а затем выполните «/home/server/Desktop/minecraft/craftbukkit.sh» для запуска файлов. Это сработало, но оно менее удобно. Я также исправил свой сайт, выполнив тот же процесс. Я надеюсь, что это скоро исправится!