Значок Skype может быть виден после белого ввода значка skype с помощью команды gsetting set, например
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'Update-notifier', 'Skype']"
Найден на Linuxicle: Включить значок уведомления о скайпе в Ubuntu 12.04 / 13.04
Изменение предпочтений для предотвращения изменения элементов входа в Dropbox является хорошим.
Тем не менее, проще изменять настройки Dropbox и отменить «Start dropbox при запуске системы».