создать отдельный раздел EXT4?

Вы всегда должны сделать чистую установку. Его много времени, но его лучший способ обновления, многое из того, что меняется между версиями и переписывание с новыми файлами Sistem, может привести к беспорядку.

Всегда делайте резервные копии и очищайте свою ОС.