Спасибо за обходной путь. Но для меня проблема была омрачена двумя другими фактами.
Каталог моих данных отличается от установки по умолчанию. По нескольким причинам, как историческим, так и техническим. Я обновлялся с очень старой установки, которая проходила через несколько back-and forward-ports. При первом запуске недавно установленного MySQL 5.5 движок InnoDB не был активирован (внутренняя реализация была отключена в файле конфигурации, но плагин, который был доступен в предыдущих версиях, отсутствует в 5.5), а метка обновления была создана без фактического обновления любые таблицы.После исправления проблемы InnoDB все еще было плевок
mysql> SHOW DATABASES;
ERROR 1018 (HY000): Can't read dir of '.' (errno: 24)
Мне нужно было запустить mysqld в корневой консоли и вручную перезапустить
/usr/bin/mysql_upgrade --defaults-extra-file=/etc/mysql/debian.cnf --force
Затем сервер начал показывать базы данных, но не смог получить доступ к некоторым таблицам. Спасибо, спасибо!