В вашем доме есть скрытый каталог .thumbnails.
Если вы удалите файл (или все) там, его миниатюра будет воссоздана nautilus в следующий раз, когда вы заходите в каталог, где он находится
Я не знаю, есть ли еще более удобный способ.
Изменить: Nautilus сохранит эскизы в памяти. Вам нужно будет закрыть и снова запустить Nautilus, чтобы заставить его воссоздать их.