Apt-get хочет, чтобы я удалял пакеты (от r-cran), которые мне нужны

Почему apt-get говорит мне, чтобы удалить пакеты, которые мне нужны? И как мне заставить замолчать?

Я запускаю EC2 с Ubuntu 14.04 и R 3.1.2 и Rstudio-сервером. Я просто побежал apt-get update и upgrade, и теперь apt-get говорит мне:

The following packages were automatically installed and are no longer required:
  icu-devtools libicu-dev r-cran-assertthat r-cran-bh r-cran-bibtex
  r-cran-bitops r-cran-chron r-cran-colorspace r-cran-data.table r-cran-dbi
  r-cran-devtools r-cran-dichromat r-cran-digest r-cran-dplyr r-cran-evaluate
  r-cran-formatr r-cran-gdata r-cran-gender r-cran-ggplot2 r-cran-gridextra
  r-cran-gtable r-cran-gtools r-cran-highr r-cran-httr r-cran-igraph
  r-cran-jsonlite r-cran-knitcitations r-cran-knitr r-cran-labeling
  r-cran-lazyeval r-cran-lubridate r-cran-magrittr r-cran-markdown
  r-cran-memoise r-cran-mime r-cran-munsell r-cran-nlp r-cran-opennlp
  r-cran-opennlpdata r-cran-plotrix r-cran-plyr r-cran-proto
  r-cran-qdapdictionaries r-cran-qdapregex r-cran-qdaptools r-cran-r6
  r-cran-rcolorbrewer r-cran-rcpp r-cran-rcurl r-cran-refmanager
  r-cran-reports r-cran-reshape2 r-cran-rjsonio r-cran-rstudioapi
  r-cran-scales r-cran-slam r-cran-stringdist r-cran-stringi r-cran-stringr
  r-cran-tm r-cran-venneuler r-cran-whisker r-cran-wordcloud r-cran-xlsx
  r-cran-xlsxjars r-cran-xml
Use 'apt-get autoremove' to remove them.

Но мне нужны эти библиотеки. На самом деле я побежал apt-get autoremove, и он сломал материал - там были другие библиотеки (qdap), которые зависели от них. Конечно, я сделал снимок сначала.

Раньше я установил библиотеку R qdap, для которой требуется библиотека R rjava, для которой требуется Java jdk. Я опубликовал шаги, которые я сделал здесь: https://stackoverflow.com/questions/17019405/rjava-installation-in-r-on-debian/27109120#27109120

Кажется, что все работает нормально. Но так ли? Меня беспокоит сообщение apt-get, повторяющееся снова и снова для каждого действия. Как может быть неправильно?