для ubuntu 16.04 Файл mongod.service должен выглядеть как
[Unit]
Description=High-performance, schema-free document-oriented database
After=time-sync.target network.target
[Service]
Type=forking
User=mongod
Group=mongod
LimitNOFILE=65000
PermissionsStartOnly=true
EnvironmentFile=/etc/default/mongod
ExecStartPre=/usr/bin/percona-server-mongodb-helper.sh
ExecStart=/usr/bin/env bash -c "numactl --interleave=all /usr/bin/mongod $OPTIONS > ${STDOUT} 2> ${STDERR}"
#ExecStart=/usr/bin/env bash -c "/usr/bin/mongod $OPTIONS > ${STDOUT} 2> ${STDERR}"
PIDFile=/var/run/mongod.pid
[Install]
WantedBy=multi-user.target
, и вы также можете указать ограничение nofile с параметром LimitNOFILE