Удалить все элементы на нежелательной док-станции. Для этого просто щелкните правой кнопкой мыши по каждому значку и перейдите к «удалить». Когда они исчезнут, док исчезнет.
Возможно, есть другой способ настройки, но Cairo dock настолько запутанно, что я не смог его найти.