У меня было что-то вроде этой проблемы некоторое время назад, и попробовал все, что предлагалось в этих сообщениях. Наконец, я решил удалить ~/.fonts.conf (после резервной копии, конечно).
Причина, по которой я думаю, что это работает, потому что общесистемная конфигурация находится в /etc/font/fonts.conf, и этот файл генерируется с помощью fontconfig. Я думаю, что моя проблемная ~/.fonts.conf была оставлена с гораздо более старой (эпохи Даппера Дрейка).