Сначала вам нужно правильно установить последнюю версию NetBeans. После перехода в Nautilus, где находятся ваши php-файлы, щелкните правой кнопкой мыши на php-файле, выберите Open With> Other application и вы найдете там NetBeans.
Если у вас все еще есть проблемы, зайдите в /usr/share/applications/ и создайте с правами root файл .desktop со следующими вещами в:
[Desktop Entry]
Name=
Exec= %U
Type=Application
. Другой способ если вы откроете NetBeans и запустите:
netbeans [ options ] [ files ]
Для получения дополнительной информации см. man netbeans.