Ошибка Ubuntu - NTFS

Более элегантное решение будет использовать mv. Тип

sudo mv /usr/share/applications/XnRetro.desktop /usr/share/applications/XnRetro.desktop.old

Таким образом вы переименуете файл, чтобы он больше не распознавался, и поскольку окончание не является .desktop, оно не будет отображаться.

Если вы заметили из-за изменения вы можете просто использовать mv снова, чтобы переименовать файл в исходное имя.