Все файлы становятся скрытыми в файловом менеджере Nautilus

Я думаю, что вы просто отключили автоблокировку. Чтобы полностью отключить его, я полагаю, вы можете удалить его. Если это делает менеджера пакетов неудовлетворительным, вы также можете sudo chmod -x /usr/bin/gnome-keyring