Да, вы можете запускать столько, сколько хотите. Примеры: Nautilus, Commander, Dolphin и т. Д. Ниже приведена ссылка, в которой перечислены наиболее распространенные в Linux.
http://www.tuxarena.com/2011/06/20-file-managers -для-убунту /