Вы можете отредактировать файл /usr/share/applications/mplayer.desktop так, чтобы вызывать команду gmplayer из меню. Обязательно используйте dpkg-divert, чтобы сделать это изменение согласованным локально:
$ sudo dpkg-divert /usr/share/applications/mplayer.desktop
Это позволит dpkg сохранить вашу измененную версию файла в будущих обновлениях пакетов.