Совместное использование виртуальной машины между Ubuntu и Windows

Вы правы в использовании pidgin-skype, но вам также нужна телепатия. Попробуйте запустить sudo apt-get install telepathy-haze и перезапустить Empathy. Это должно уметь интегрировать Skype в Empathy. Также Skype должен работать в фоновом режиме, чтобы это работало.