Создание загрузочного USB-диска Windows 8 под Linux с Winusb (saucy) изменяет мои хэш-файлы iso - это нормально, ошибка или вредоносное поведение?

Краткий ответ. Да, возможно, при условии, что изображения находятся на разделе, доступном для обеих операционных систем, и не используются одновременно.