Существует переменная среды, называемая PATH. Введите echo $PATH в терминале, чтобы просмотреть его содержимое. Если некоторые приложения находятся в папках, не входящих в список, вы должны называть их абсолютным путем, например /opt/games/ponyhunting. Приложения из Software Center всегда находятся в PATH, но некоторые дистрибутивные агностические пакеты с сайтов приложений не являются.