Используйте ps aux | grep apache, когда он запущен, и посмотрите, какая команда запустила его. ls -l /etc/logrotate.d/ и проверьте файл apache. Это возможно, поскольку комментарий от @Lekensteyn отметил, что он существует, но перед попыткой перезагрузки он должен проверять идентификатор apache.