Насколько я знаю, PulseAudio - это аудиосервер с возможностью маршрутизации звука так, как вы хотите.
Установите PulseAudio Volume Control, чтобы иметь возможность изменять, куда поступают входы и выходы.
sudo apt-get install pavucontrol
Таким образом, я перенаправил вывод Skype на мою гарнитуру, а мой микрофон только в Skype , В то время как все остальное работает через динамики ПК.