Вы можете использовать nohup, чтобы предотвратить подключение графического интерфейса к терминалу:
nohup mupdf some.pdf &
Это позволит вам закрыть терминал, с которого вы запускаете, без закрытия программы.
Вы также должны заметить, что команда nohup создаст файл с stdout и stderr команды, которую вы запустили. Если вы хотите предотвратить это, добавьте &>/dev/null перед &.
nohup mupdf some.pdf &>/dev/null &