Удалите кавычки.
Exec=nice -n -10 eclipse
Редактируйте: хотя только пользователь root может установить приятность ниже 0, поэтому
Exec=sh -c 'eclipse & gksudo -- renice -n -10 $!'
Или, может быть, лучше: [!d2 ]
Exec=sh -c 'exec gksudo -- nice -n -10 sudo -H -u $USER eclipse'