Я думаю, что хорошим началом для решения вашей проблемы было бы точно определить, что происходит. Могу ли я предложить вам использовать на вашем хостере такие инструменты, как top, free -m и iotop, чтобы выяснить, являются ли проблемы процессором, памятью или IO? Как только вы поймете, что такое узкое место, если предположить, что есть одно, тогда вам будет легче узнать, как его решить.