Я столкнулся с той же проблемой на своем рабочем столе Ubuntu 16.04 LTS. Вот как я мог исправить эту проблему.
Перейти к Gnome Tweak Tool (установить его, если он еще не установлен). Выберите «Рабочий стол» с левой боковой панели. Переключите «Icons on Desktop» в положение «ON»