Это может заставить вас начать:
#!/bin/bash
find . -name 'note*' -not -name '*txt' -exec mv -bf '{}' '{}'.txt \;
find . -name 'note*.txt' -exec mv -bf '{}' /home/username/notes/ \;
-bf заставляет mv не задавать вопросы и выполнять резервное копирование при перезаписи.