Если у вас есть живой компакт-диск, загрузитесь с него и запустите проверку диска на разделе ubuntu.
Для этого вам нужно сначала запустить fdisk -l с корневого терминала, затем один раз вы знаете местоположение раздела ubuntu, запустите fsck /path/to_drive.
По завершении проверки диска вы можете перезагрузить систему (без компакт-диска), и она должна снова работать.
Это не проблема. Вы можете просто удалить папку VirtualBox VMs.
Внутри этой папки находятся файлы конфигурации VirtualBox и виртуальных жестких дисков.
Вы также можете оставить эту папку и повторно использовать виртуальную машину позже если вы хотите.