Вы должны добавить банки в путь к классам при компиляции и при запуске финального файла jar с приложением.
При компиляции:
javac -cp /usr/share/java/j3dcore.jar:/usr/share/java/j3dutils.jar:/usr/share/java/vecmath.jar MainClass.jar
Чтобы указать путь к классу, когда запустив jar, поместите путь classpath в файл манифеста. Добавьте следующую строку:
Class-Path: /usr/share/java/j3dcore.jar /usr/share/java/j3dutils.jar /usr/share/java/vecmath.jar