В 13.04 он находится прямо в меню,
12.04 не имеет его; не тестировались 12.10.
Я только что узнал, что gconf2, похоже, работает - команда была неправильной. например это работает
gconftool-2 --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_color --type string "#393939"