IDK, как «безопасно» я бы рассмотрел Ubuntu Tweak, потому что все, что он изменит, вам лучше делать вручную, либо с помощью окна настроек ccsm, либо в реальной командной строке. Если вы знаете, что вы сделали, вы можете его отменить. Если вы знаете, какой файл вы редактировали, вы можете его пересмотреть. Если вы нажмете кнопку в Ubuntu Tweak, вы можете не знать, что она сделала или где.
Точно так же спросите себя: быстрее ли открыть UT, перейти в раздел очистки пакета и нажать кнопку? Было бы быстрее, если бы вы просто открыли свой терминал и sudo apt-get autoremove?