Я сделал это раньше: Запустите gnome-terminal на сервере. ctrl + Z, затем bg из исходного окна терминала.
Обычно я использую ssh -X-C, поэтому вам, возможно, придется это сделать, но я не уверен. Кроме того, он будет использовать настройки вашего сервера вместо тех, что на вашем компьютере, что иногда неудобно.
PHP 5.3.5-0.dotdeb.0 указывает, что установленные вами пакеты php находятся на dotdeb.org, а не на главном архиве. Эти пакеты не скомпилированы для Ubuntu, но для Debian, и вполне вероятно, что они были созданы против более старой версии libxml2.
Вам было бы лучше использовать пакеты php5 от Ubuntu или если более свежие необходима версия, чтобы использовать пакеты из доверенного PPA.