Оба пакета предоставляют одно и то же приложение, но скомпилированы с различными зависимостями (например, vim-gnome зависит от libgnome2). Vim-gtk важен только для людей, которые используют Kubuntu (или небольшую рабочую среду) и не хотят устанавливать библиотеки GNOME. Если вы используете стандартный рабочий стол Ubuntu, зависимости уже присутствуют, и вы можете безопасно использовать vim-gnome. Я согласен, что это может сбивать с толку.
Вместо удаления ссылок отключите их. Разница заключается в том, что удаление не делает dpkg знают ваши предпочтения, чтобы предотвратить сценарии запуска от выполняется, потому что dpkg работает update-rc.d тоже для удаления и добавления ссылок.
Для того, чтобы отключить услугу :
sudo update-rc.d blabla disable
Вам не нужно будет удалять /etc/rc.local, поскольку он обычно не изменяется с помощью сценариев управления пакетами.