Не сейчас, нет способа вручную переупорядочить элементы ATM. Может быть, что-то будет добавлено в 11.10
Также есть сообщение об ошибке: https://bugs.launchpad.net/unity/+bug/737379
Вы можете подумать о том, чтобы сделать ваше приложение стартовой службой.
Вот вам служба запуска , чтобы вы начали.