Что это за файл (bamf-2.index)?

Откройте для редактирования следующее:

sudo vi /etc/default/keyboard

И отредактируйте XKBOPTIONS="ctrl:swapcaps"

Затем переконфигурируйте:

sudo dpkg-reconfigure keyboard-configuration

или

/usr/bin/setxkbmap -option "ctrl:swapcaps"