Также попробуйте эту команду на терминале,
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/jenkins_1.529_all.deb
Это похоже на то, что у вас плохое поведение на диске. Вы проверили выход hdparm, чтобы убедиться, что используете DMA? Простой доступ к диску не должен затормозить систему, если не произойдет что-то еще. Я бы посмотрел на выход dmesg и установил smartmontools, чтобы узнать, не выкидывает ли ваш диск ошибки ATA или если SMART считает, что диск умирает.
И сделайте то, что сказал jnv, проворачивая swappiness; Linux предпочитает по умолчанию обменивать незанятые программы в пользу кэширования данных с жесткого диска и с зашифрованным homedir, в кэше гораздо больше активности на диске (вы можете не использовать шифрование homedir и просто использовать gpg или подобное шифрование вещи, которые вам действительно нравятся). :
)Вы можете попробовать эти две вещи, чтобы уменьшить обмен:
Уменьшить swappiness (60 по умолчанию, попробуйте установить его на 10) Попробуйте zRam (сначала будет сжимать данные в вашей памяти перед их заменой на жесткий диск)