Из-за недавно обнаруженных уязвимостей безопасности в Encfs я переключился на Cryfs (отказ от ответственности: я тоже один из разработчиков). Инструмент выполняет то, о чем вы просите, и имеет преимущества перед eCryptfs или Encfs.
Одно из преимуществ заключается в том, что он также шифрует размеры файлов и структуру каталогов. С Encfs или eCryptfs каждый может видеть вашу структуру каталогов и размеры файлов. Это часто делает больше информации общедоступной, чем вы хотите. Скажем, у вас есть набор каталогов с ~ 20 файлами каждый и каждый файл ~ 3 МБ. Возможно, это коллекция музыкальных компакт-дисков. Или скажите, что вы храните копию Windows 8 DVD в своей файловой системе. Это легко понять, сравнив структуру каталогов и размеры файлов Windows 8 DVD со структурой вашей зашифрованной файловой системы.
Cryfs - это совершенно новый проект, но я уже некоторое время его использую для шифрования моя папка Dropbox и до сих пор не имела никаких проблем.
В Encfs есть легкие уязвимости для обеспечения безопасности.