Шифрование zip-файлов является слабым и может быть легко сломано. Вместо этого используйте команду 7zip.
7z a -p Fdirectory.7z /path/to/F
a сообщает 7zip добавлять файлы. -p Вы можете либо оставить его пустым, чтобы он запрашивал вас в интерактивном режиме, либо введите здесь пароль. Fdirectory.7z - имя создаваемого архива. /path/to/F - путь вашего каталога. Это может быть относительный или полный путь. Рекомендуется не вводить пароль в оболочке, так как он доступен для всех, у кого есть доступ к директории /proc.