start-stop-daemon не удаляет старый файл pid

sudo apt-get remove linux-image-3.5.0-40*.

Я предлагаю вам всегда держать хотя бы одно более раннее ядро, на всякий случай, если вам нужно загрузиться в него по причинам, которые вы, возможно, никогда не ожидаете прямо сейчас.