Насколько я знаю, вино НЕ выполняет EXE-файлы по умолчанию, основываясь на моем опыте до сих пор с Wine on Ubuntu 13.04.
Я не уверен, разрешены ли предыдущие версии Ubuntu / Wine он автоматически запускает исполняемые файлы, но, по крайней мере, вы можете быть достаточно уверены в том, что это не так.